醫學院設有醫學系、十二個研究所及四個學程。醫學系共有十九個臨床學科及八個基礎學科，研究所則包括臨床醫學研究所、傳統醫藥研究所、急重症醫學研究所、生理學研究所、藥理學研究所、解剖學及細胞生物學研究所、腦科學研究所、公共衛生研究所、醫務管理研究所、衛生福利研究所、環境與職業衛生研究所及生物醫學資訊研究所（與生命科學院合設）。從各科所的教學及研究屬性可分為臨床醫學、基礎醫學及公共衛生學三大領域。