醫學院憑藉既定的辦學理念，以培育術德兼備且符合現代社會需求的醫師為目標，對於課程革新和改良的努力從未中斷。自民國88年首度將問題導向學習（problem-based learning, PBL）模式應用於臨床診斷學及實驗室診斷學課程，繼而推廣至病理學課程，至於90學年度開始實施醫學系四年級的整合性臨床課程。自91學年開始實施全新的醫學系課程，第一、二年是人本主義為導向，以醫病關係為核心的醫學人文通識教育；第三、四年是以PBL為主軸的基礎醫學及臨床醫學整合課程；第五、六年是以醫學理論講授配合實地體驗醫療團隊工作的醫院學習課程；第七年是醫院實習。為提供以畢業的臨床醫師博士級的研究訓練，本學院分別在1986年及1991年成立臨床醫學研究所及傳統醫學研究所。